Supravodivá magnetická rezonance má hlubší válcovitý tvar tzv. tunel, který je tvořen cívkou (solenoidem) vyrobenou ze slitin, jako je niob/titan nebo niob/cín, obklopenou mědí. Tyto slitiny mají vlastnost nulového odporu vůči elektrickému proudu při ochlazení přibližně na teplotu 10 kelvinů. Cívka je chlazená na tuto teplotu pomocí kapalného hélia.
Supravodivá cívka se postupně po dobu několika hodin napájí elektrickým proudem, dokud není dosaženo požadovaného magnetického pole. Po-té se nechá vychladnout na supravodivou teplotu a napájecí zdroj se vypne. Výsledkem je, že proud v uzavřené smyčce koluje celá léta bez výrazného poklesu a magnetické pole je vždy přítomné.
Měď kolem cívky působí jako izolant při nízkých teplotách. Také chrání slitinovou cívku před zničením v případě zhášení/quenche magnetu. Ke zhášení může dojít, pokud hladina helia klesne příliš nízko nebo pokud se do pole magnetu dostane velký feromagnetický předmět. Zhášení má za následek ztrátu supravodivosti magnetu s přeměnou kapalného hélia na plynné. Vzniklý plyn je odváděn prostřednictvím quench roury ven z místnosti a budovy, ideálně nad úroveň střechy budovy, a to v bezpečné vzdálenosti od okolních oken, teras a balkonů. V případě úniku plynu do uzavřených prostor dojde ke snížení kyslíku s rizikem udušení, v případě přímého kontaktu i k omrzlinám.
U moderních supravodivých magnetů MRI, obsahujících chladicí systém nazývaný „cool head“ sloužící pro kondenzaci kryogenního plynu, jsou náklady na doplňování kapalného hélia nízké. Počáteční náklady na supravodivou magnetickou rezonanci 1,5 T mohou vyšplhat dle výrobce, typu a stavu přístroje (nový, repasovaný) na desítky milionů korun. Mezi další náklady nesmíme zapomenout připočíst stavební úpravy, vyztužení podlah, antivibrační podložky, samotný projekt Faradayovy klece včetně její instalace, přídavné magnetické stínění (pokud je potřeba dle měření), rozvody plynů a elektrických kabelů, nemagnetický interiér vyšetřovny (krycí panely, zásuvky, rychlospojky, osvětlení, čidlo kyslíku, kamera…), quench rouru a její instalaci, klimatizaci vyšetřovny a technické místnosti, instalaci odvětrávané podlahy v technické místnosti, rozvodnou skříň, zdroj napájení UPS a další individuální náklady dle potřeb a prostoru klienta.
Síla magnetického pole u těchto magnetů dosahuje 0,5 – 9 T. MRI s magnetickým polem 1,5 T a výše již umožňuje funkční zobrazení mozku. V praxi se můžeme setkat také s MRI 3 T.